This is a demonstration environment. It may contain non-accurate test data and should not be used for real-world applications. Data will be deleted regularly.

LOC_02XECXY.1

YFV/Colombia/807033743/2024-02
L. C. Pardo, M. F. Carreno, M. A. Porras, A. M. Rodriguez-Paz, S. Y. Gomez, H. A. Ruiz-Moreno, A. Rosales, D. A. Alvarez, C. E. Franco & K. D. Laiton-Donato

Instituto Nacional de Salud, Direccion de Investigacion en Salud Publica

Sample details

Collection date
2024-02
Sampling location
Colombia
Isolate name
807033743

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Clade

Clade
VI

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-06-23
NCBI update date
2024-06-23

Host

Host

Submission details

Submission ID
PP869888.1
Submitting group
Date submitted
2026-09-29 18:59:49 UTC
Date released
2026-09-29 19:03:48 UTC
Earliest release date
2024-06-23

Alignment and QC

Length
10003 (78%)
# of SNPs
1289
# of unknown bases
1527

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_002031.1 reference

Substitutions
  • A346G
  • G352A
  • C354T
  • T358C
  • A361G
  • A367G
  • C370T
  • A376G
  • C385G
  • T389C
  • A400T
  • A409G
  • T421A
  • T427A
  • T433C
  • C434T
  • G436A
  • G442A
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_002031.1 reference

Substitutions

C

  • C:A79V

prM

  • prM:K6R

E

  • E:R52G
  • E:V56A
  • E:N62S
  • E:H67N
  • E:A83E
  • E:V170A
  • E:I173T
  • E:K177R
  • E:G191S
  • E:T200K
  • E:R207K
  • E:R243K
  • E:D270N
  • E:N271S
  • E:N272K
  • E:S282A
  • E:I299M
  • E:F305S

NS1

  • NS1:I21V
  • NS1:F79L
  • NS1:P93S
  • NS1:V96I
  • NS1:I177M
  • NS1:A218T
  • NS1:E240D
  • NS1:I286V
  • NS1:I287V
  • NS1:N290G
  • NS1:V307I
  • NS1:H324R
  • NS1:R338K
  • NS1:E342D

NS2a

  • NS2a:V6I
  • NS2a:M30I
  • NS2a:V35M
  • NS2a:L48I
  • NS2a:L216M
  • NS2a:I220V

NS2b

  • NS2b:I32V
  • NS2b:L37I
  • NS2b:K54R
  • NS2b:A77T
  • NS2b:L109I
  • NS2b:R126K

NS3

  • NS3:H19Y
  • NS3:I68V
  • NS3:V103A
  • NS3:N485D
  • NS3:V515I
  • NS3:K535R
  • NS3:E614D

NS4a

  • NS4a:V5M
  • NS4a:F30L
  • NS4a:I53T
  • NS4a:I58V
  • NS4a:M67V
  • NS4a:V107I
  • NS4a:I119V

2K

  • 2K:S1T
  • 2K:V18I
  • 2K:A20V

NS4b

  • NS4b:S25A
  • NS4b:L32F
  • NS4b:M95I
  • NS4b:S121T
  • NS4b:E145K
  • NS4b:N152S
  • NS4b:H232Y

RdRPol

  • RdRPol:S2R
  • RdRPol:R22Q
  • RdRPol:I78T
  • RdRPol:K95R
  • RdRPol:R107K
  • RdRPol:D108E
  • RdRPol:I132V
  • RdRPol:V138T
  • RdRPol:S152P
  • RdRPol:V162M
  • RdRPol:A173G
  • RdRPol:D177E
  • RdRPol:N178S
  • RdRPol:V229I
  • RdRPol:K275R
  • RdRPol:E276A
  • RdRPol:M290T
  • RdRPol:T291A
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue